万松院（ばんしょういん）は、元和元年(1615年)に宗家20代義成（よしなり）が父義智の冥福を祈って創建した寺で、以降、宗家累代の菩提寺となりました。

その後数度の火災により焼失したため今の本堂は明治12年(1879年)に建造されたものです。安土桃山式の山門は焼失から免れた対馬最古の建物で、堂内には朝鮮国王から贈られた三具足、徳川将軍の大位牌が並んでいます。さらに１３２段の百雁木（ひゃくがんぎ）と言われる石段が幽玄（れいげん）な雰囲気を醸し出しています。

この石段を上った場所に宗家一族の墓所である御霊屋（おたまや）があり、巨大な墓がずらりと荘厳な雰囲気のなか立ち並んでいます。その規模は大大名なみの規模で、金沢市の前田藩墓地、萩市の毛利藩墓地とともに日本三大墓地の一つとも言われています。

また、墓所の手前に樹齢１２００年と言われる万松院の大スギが３本あり、杉では対馬一の樹齢を誇っています。宗家の歴史が刻まれた、国指定史跡です。